La Direction du suivi de l’état de l’environnement du ministère du Développement durable, de l’Environnement et des Parcs a effectué, au cours de l’été 2004, une évaluation de la qualité bactériologique de l’eau à seize sites potentiels de baignade situés le long du fleuve Saint‑Laurent, entre le lac Saint-François et l’île d’Orléans. Entre le 21 juin et le 25 août 2004, dix campagnes de prélèvement ont été réalisées à chaque site. Lors de chaque visite, six échantillons ont été prélevés selon le protocole du programme Environnement-Plage et les concentrations en Escherichia coli ont été mesurées.

Dix des seize sites caractérisés au cours de l’été 2004 présentaient un potentiel intéressant pour la baignade, c’est-à-dire que le critère de qualité (200 UFC/100 ml) y était respecté au moins 70 % du temps. Il s’agit des sites de l’île Charron (îles de Boucherville), du parc de la Commune à Varennes, du parc Maisouna à Tracy, de l’île des Barques (îles de Sorel), du centre nautique de Francheville à Pointe-du-Lac, de Deschaillons, de la plage Garneau à Lévis, de la plage Jacques‑Cartier, de l’Anse au Foulon et des battures de Beauport à Québec.

La forte contamination bactériologique observée au site de Lanoraie provient des eaux usées traitées, mais non désinfectées, des stations d’épuration de Montréal, Longueuil et Repentigny, et des débordements d’eaux usées non traitées survenant par temps de pluie. La contamination qui affecte le site de l’île à la Pierre (îles de Sorel) provient des eaux usées traitées, mais non désinfectées, des stations d’épuration de Montréal et de Longueuil dont les émissaires sont situées à plus de 60 km en amont. Les deux autres sites présentant une moyenne géométrique saisonnière supérieure à 200 UFC/100 ml sont ceux de la municipalité de Batiscan et du secteur de Port‑Saint-François dans la municipalité de Nicolet. La municipalité de Batiscan ne possédant pas de réseaux d’égouts et de station d’épuration, l’eau de la plage présente en effet une mauvaise qualité bactériologique. La plage de Port-Saint-François, quant à elle, présente généralement une eau de bonne qualité bactériologique mais a fait l’objet de trois épisodes de contamination importante, dont l’un résulte d’un problème de fonctionnement de la station d’épuration lié à la foudre. Pour plusieurs sites, la contamination bactériologique est corrélée avec les précipitations enregistrées la veille ou l’avant-veille de l’échantillonnage. La présence de goélands peut également être une source de contamination non négligeable.