La Direction du suivi de l’état de l’environnement du ministère de l’Environnement du Québec a effectué, au cours de l’été 2003, une évaluation de la qualité bactériologique de l’eau à seize sites potentiels de baignade situés le long du fleuve Saint-Laurent, entre le lac Saint-François et l’île d’Orléans. Entre le 25 juin et le 28 août 2003, dix campagnes de prélèvement ont été réalisées à chaque site. Lors de chaque visite, six échantillons ont été prélevés selon le protocole du programme Environnement‑Plage et les concentrations en Escherichia coli ont été mesurées.

Sept des seize sites caractérisés au cours de l’été 2003 présentaient un potentiel intéressant pour la baignade, c’est-à-dire que le critère de qualité (200 UFC/100 ml) y était respecté au moins 70 % du temps. Il s’agit des sites de l’île Charron (îles de Boucherville), du parc Maisouna à Tracy, du centre nautique de Francheville à Pointe-du-Lac, de Deschaillons, de la plage Garneau à Lévis, de la plage Jacques‑Cartier et de la baie de Beauport à Québec. La forte contamination bactériologique observée au site de Lanoraie provient des débordements d’eaux usées non traitées survenant par temps de pluie et du rejet d’eaux usées traitées, mais non désinfectées, par la station d’épuration de Repentigny dont l’émissaire est situé à 30 km en amont. La contamination qui affecte le site de l’île à la Pierre (îles de Sorel) provient des eaux usées traitées, mais non désinfectées, de la station d’épuration de la ville de Montréal et du Centre d’épuration des eaux de la rive sud, situé à Longueuil, dont les émissaires sont situés à plus de 60 km en amont. Pour plus de la moitié des sites caractérisés, la contamination bactériologique est corrélée avec les précipitations. La présence de goélands peut également constituer une source non négligeable de contamination.